El municipio cuenta con gran diversidad de ecosistemas de gran valor medioambiental, lo cual ha resultado en su inclusión en la Red Natura 2000 de la Unión Europea (ZEPA y ZEC).  Tanto la diversidad de ecosistemas como el importante número de cursos de agua que recorren el término municipal han hecho a Navalagamella merecedora de tal distinción. Entre los hábitats de interés comunitario que posibilitaron la declaración de la zona como ZEC, el municipio cuenta con una importante representación, entre los cuales destacan los estanques y dehesas, los cuales deben ser protegidos.